Mahmut Özer, Bakanlığın vakıf ve derneklerle yaptığı iş birlikleri konusundaki eleştirilere şöyle cevap verdi:
"MEB'i dernekler ve vakıflar yönetmiyor, MEB'i biz yönetiyoruz. Milli Eğitim Bakanlığı, sivil toplum örgütleri ile belli odak noktalarında iş birliği yapabilir, devleti ile milleti ile problemi olmayan her türlü STK ile iş birliğine açığız. Biz ancak yeni yaklaşımımızda odak noktasını belirleyerek iş birliğine gideceğiz. Bakan yardımcım, o konuyla ilgili çalışmalarını devam ettiriyor. Genel çerçeve içerisinde bir iş birliği değil, 4 tane önceliğimiz içinde eğitimde fırsat eşitliğini artırma, okul öncesi eğitime erişim, mesleki eğitimin güçlendirilmesi, öğretmen eğitimi, okullar arasındaki imkan farklılıklarının azaltılması ile ilgili noktalarda iş birliği yapacağız. Onun haricinde mümkün olduğu kadar iş birliğini kısıtlayacağız."
